Egli incontra infatti l'Architetto, che abbatte con un sol colpo tutte le certezze dell'Eletto. Questi infatti non è il primo, ma nelle precedenti versioni di Matrix ce ne erano altri come lui, e non è con le sue forze che è arrivato fin dove è, ma è lì perchè tutto era previsto, perchè Matrix nasceva con un errore di fondo, appunto l'Eletto, al quale si può rimediare solo con l'instaurazione della guerra tra uomini e macchine fuori dalla Matrice, e attraverso la lotta dei ribelli, che lo avrebbe portato, in un momento culminante, alla scelta che avrebbe riazzerato Matrix, rigenerandola. Ma questa volta va in maniera diversa: sicuro che il genere umano possa avere un'altra possibilità, Neo sceglie di salvare Trinity, morente. Tutto ciò si trova in contrasto con la mente razionale dell'Architetto, e l'errore della Matrice viene perpetuato, e l'Eletto continua a vivere.

Più potente di prima, Neo riesce a salvare, non sapendo come, i suoi compagni anche al di fuori di Matrix. La sua mente, infatti, già sovraccaricata da tutto ciò che è avvenuto e dalla responsabilità che i suoi poteri comportano, scatena una tempesta elettromagnetica che disabilita le sentinelle che stavano per annientare l'inerme gruppo di umani. Ma ora è stanco, l'Eletto, e la sua mente non risiede più nel suo corpo.

Non ascoltando le premonizioni di Neo, si lancia a capofitto in una missione suicida, forse frustata dalla sua inutilità ai fini della salvezza in confronto al ruolo di assoluto primo piano dell'Eletto. Sta di fatto, però, che la sua testardaggine, porta alla potenziale speranza di libertà indirettamente il genere umano. Se la ragazza non si fosse trovata in pericolo, infatti, Neo non sarebbe mai accorso a soccorrerla e rianimarla, ricambiando il gesto di Trinity nel primo episodio della trilogia. Quindi questo avrebbe scelto per la salvezza immediata degli uomini, che sarebbero comunque rimasti schiavi della Matrice.

Allora l'omone ritrova il suo orgoglio, e si lancia nell'organizzazione di un'impresa che non può passare inosservata: la distruzione di Matrix e delle macchine in un colpo solo. Purtroppo la cosa non è proprio come sperava, a cominciare dalle delusioni precedenti alla realizzazione di ciò che risulterà, comunque, un grosso passo avanti verso l'epilogo.

Infatti l'Oracolo non è in realtà l'amico che conoscevano, ma in realtà la "madre" di Matrix, che si preoccupa solo del normale svolgimento del destino della Matrice. Ma ancora non è arrivata una fine...

Il merovingio però non si scompone, mantenendo sempre la sua aria di superiorità nei confronti di tutto e di tutti, soprattutto del sottovalutato Neo. Egli ha infatti sempre un asso nella manica, e sa sempre ciò che succederà. Ma questo ciclo di Matrix è un po' anomalo...

E infatti la sua duplice vendetta inizia proprio nei confronti del programma, creando le basi per l'annientamento dell'eletto e il suo assoluto dominio sulla Matrice.

La avevamo lasciata così, mentre ora l'Architetto la rivela per ciò che veramente è: la "Madre" di Matrix, che svolge un ruolo fondamentale nella ciclicità che permette a Matrix l'esistenza. Se ne deduce che tutto ciò che ha fatto per Morpheus, che stenta a credere alla verità, lo ha fatto solo perchè se l'Eletto non arriva a contatto con l'Architetto la sua co-creazione non ha luogo e cade nel baratro del non-senso.

Non potendo la matrice accettare l'infinito, Matrix ha bisogno di rigenerarsi, e l'Eletto è l'errore che risolve il problema, ma questo ciclo è anomalo... E l'essere supremo della Matrice, che, legato al suo intelletto più che a ogni altra cosa, rimane lì a guardare gli avvenimenti senza porvi rimedio, per non alterare di una sola virgola la versione definitiva del programma da lui creato, rimanendo, schiavo delle sue leggi, stupito dalla forza dell'amore, sentimento da lui incomprensibile ed incalcolabile, poiché umano e lungi da ogni razionalità, mentre l'Architetto è pura ragione...